L'IGEE est situé dans le Pavillon principal de Polytechnique Montréal. Hydro-Québec finance majoritairement l'Institut. Les autres partenaires industriels y contribuent sous forme de cotisation annuelle. Polytechnique Montréal fournit les bureaux et les locaux de formation et assure l'entretien de l'infrastructure.

L'administration des affaires courantes et académiques est sous la responsabilité du directeur général de l'Institut.

L'IGEE est dirigé par son conseil d'administration, composé de 13 représentants élus par les membres industriels et universitaires. On y retrouve 6 représentants du monde universitaire, 6 représentants du milieu industriel et le directeur général.

Le comité exécutif est composé d'administrateurs auxquels le conseil d'administration délégue ses pouvoirs administratifs pour agir à sa place entre les assemblées du conseil d'administration.

Le comité académique est composé de représentants des universités et des industries. Il a pour mandat de faire des recommandations au conseil d'administration quant à toute question relative au programme de formation de l'IGEE. Le directeur général de l'Institut préside ce comité.

Le comité de vérification a pour mandat de faire des recommandations au conseil d'administration quant à l'approbation des états financiers vérifiés.

Le comité d'admission est responsable de la sélection des étudiants parmi les candidatures reçues des universités.